从中医的角度来说，幽门螺杆菌的感染主要是由于人体正气不足，无法抵御邪气所致。中医认为，扶正固本，改变幽门螺杆菌的生存环境，可以避免疾病的发生。所以要在四诊的基础上，服用调肝和脾胃、理气消炎的药物，标本兼治。如果症状严重，还需要四联疗法和三联疗法。症状稳定后，服用中药进行治疗。
目前对于单味中药的抗幽门螺杆菌作用存在两大观点：一是主张清热解毒为主，一是主张扶正祛邪为主，而多数试验表明清热解毒中药在抗幽门螺杆菌治疗中更具优势。
不同性味、不同作用的中药对幽门螺杆菌有抑制作用，其中38种中药具有不同程度的抑菌作用。
这些具有抗幽门螺杆菌作用的中药多集中于清热燥湿解毒、温中健脾益气、活血化瘀、行气解郁几大类中药。
1、清热燥湿解毒药主要有黄连、黄芩、大黄、黄柏、金银花、连翘、板蓝根、大青叶、青黛、土茯苓、蒲公英、白花蛇舌草、鱼腥草、紫花地丁、白头翁、秦皮、鸦胆子等;
2、温中健脾益气药主要有桂枝、吴茱萸、高良姜、甘草;活血化瘀药主要有延胡索、丹参、三七、归尾、乳香、山楂;
3、行气解郁药主要有柴胡、厚朴、枳实、乌药、陈皮、玫瑰花等;补益药主要有白芍、黄芪、艾叶、豆蔻、远志、金樱子等。
研究结果还表明清热解毒、温中行气、补益类3类中药的抑菌作用呈递减趋势，其中黄连、黄芩具有高度抑菌作用，大黄、地榆、马鞭草具有中度抑菌作用。
鹿衔草、旋覆花、金银花、连翘、丹参、石榴皮、黄柏、干姜、北秦皮、墨旱莲、甘草、泽兰、白花蛇舌草、葛根、桑叶、仙鹤草、败酱草、当归、延胡索、赤芍、广木香具有轻度抑菌作用。国内许多学者进行的类似试验结果相近。
